Несколько лет назад бывший первый проректор университета В.Н.Попантонопуло обвинил своего шефа в плагиате. Он обратился в ученый совет диссертационного совета, указав, что в тексте докторской диссертации Сергея Ситникова есть целые страницы и главы, совпадающие с текстом работ других авторов. Однако его обращения в ученый совет и высшую аттестационную коллегию в Москве ни к чему не привели.
В истории с проверкой диссертации Сергея Ситникова есть немало противоречивых документов. Так, например, зам.генерального директора ЗАО НИЭМ, кандидат экономических наук А.Ю.Рогаткин, сравнив монографию С.Г.Ситникова «Системы оперативного менеджмента дифференцированных предприятий», изданной в 2008 году (в то время, когда автор исполнял обязанности ректора) с текстом монографии С.Г.Винокурова «Модели и методы оперативного менеджмента», изданной на два года раньше, пришел к выводу, что 74 процента текста научного труда Сергея Ситникова совпадает с текстом работы С.Г.Винокурова.
Система «Антиплагиат», с помощью которой был проанализирован автореферат докторской диссертации С.Г.Ситникова, оценила «оригинальность» текста на 47,14%.
Тогда Владимир Попантонопуло обратился с заявлением в правоохранительные органы, которые неоднократно назначали проверки, однако дела не были возбуждены, хотя имеется заключение эксперта из ООО «Лаборатория судебной экспертизы». Эксперт-лингвист, кандидат филологических наук Е.П.Войтенко считает, что тексты монографии и автореферата С.Г.Винокурова являются первичным текстом, а тексты Ситникова – «стилистической, композиционной и фактической обработкой этих первичных текстов».
Однако, Попантонопуло настаивал на том, что монография С.Г.. Винокурова – не единственный труд, из которого Ситников сдувал умные мысли. В его списке фигурирует и монография Г.З. Винокурова и А.А.. Кошкина «Системы оперативного и упреждающего управления предприятием», изданная в 1997 году. Связь между этими текстами устанавливала специальная комиссия, созданная новым ректором СибГУТИ (Ситникова прокатили на выборах) Б.Я.Рябко. Комиссия, в составе восьми докторов наук установила, что бывший ректор университета списал 19 процентов текста из монографии Винокурова и Кошкина 1997 года. При этом, «указанные заимствования не оформлены как цитаты и не снабжены соответствующими ссылками».
Несмотря на то, что Сергей Ситников утверждал, что им были использованы тексты трудов, над созданием которых он также принимал участие и договорился с авторами об использовании текста в своей диссертации, комиссия сделала вывод, что «наличие каких-либо договоренностей между авторами не может служить оправданием плагиата».
Получив такое заключение, новый ректор СибГУТИ Б.Я.Рябко решил поставить точку в истории с научными свершениями своего предшественника, поскольку, «выявленный факт плагиата противоречит как законодательству РФ об охране авторских прав, так и традициям российской высшей школы». Он издал приказ, согласно которому монография незадачливого автора следует изъять из библиотеки и сдать в макулатуру, а Ситникову предложил добровольно вернуть в кассу почти 140 тысяч рублей, потраченных на издание монографии.