Университет выделил пять приоритетных направлений развития: математика, фундаментальные основы информатики и информационные технологии; живые системы; энергетика, энергосбережение и ресурсная база; новые материалы; гуманитарные науки. Механизмом интеграции различных направлений станут информационные технологии, которые помогут создать информационно-телекоммуникационную среду между ними. Комплексные научные исследования по выделенным направлениям будут проводиться на базе институтов СО РАН и СО РАМН, где действуют 74 выпускающих кафедры университета. Совместно с институтами СО РАН и СО РАМН планируется расширение аспирантуры и докторантуры, создание объединенных диссертационных советов, экспертных групп по оценке перспективных научных проектов. Одним из результатов расширения должен стать Центр подготовки магистрантов и аспирантов, где также смогут проходить обучение молодые исследователи из других российских и зарубежных вузов. В программу магистров естественно-научного профиля будет включена инжиниринговая (конструкторско-технологическая ) составляющая, в этом помогут партнеры из СО РАН, Франции, Китая, Казахстана. Кроме того, НИУ НГУ намерен включить в свой состав Новосибирский химико-технологический колледж им. Д. И. Менделеева и Новосибирский геологоразведочный техникум, что соответствует выбранной модели непрерывного образования, а также позволит выпускать практико-ориентированных специалистов. Одно из принципиальных новшеств Программы развития НГУ – внедрение проектной системы обучения, которая предполагает создание мультидисциплинарных творческих коллективов исследователей, представляющих различные факультеты и кафедры с включением студентов, аспирантов, преподавателей, научных сотрудников. Этот принцип должен получить воплощение в Институте мультидисциплинарных прикладных исследований. Разработанные совместно с СО РАН, в том числе в Институте мультидисциплинарных прикладных исследований, технологии и продукты должны коммерциализироваться в малых инновационных компаниях, которые будут созданы при НГУ и под его брендом. Предполагается, что стратегические партнеры НИУ НГУ -- ассоциации инновационных компаний «СибАкадемИнновация» и «СибАкадемСофт» окажут консалтинговую помощь молодым фирмам, а в дальнейшем они разместятся в бизнес-инкубаторе Технопарка (первую его очередь обещали сдать в 2010 году). Естественно, выход на производство подразумевает разработку согласованной с СО РАН системы защиты и управления интеллектуальной собственностью. В 2009-2013 годах НГУ получит 1,8 млд. рублей из федерального бюджета и добавит 360 млн внебюджетного финансирования (собственные средства и помощь стратегических партнеров). Заработать НГУ рассчитывает на участии в различных программах и конкурсах, на получении доходов от научно-исследовательских и технологических работ, а также на реализации научно-технической продукции и образовательных услуг. Большая часть полученных средств будет потрачена на закупку учебного и научного оборудования, повышение квалификации преподавателей и их академической мобильности, совершенствование образовательных программ. Из собственных средств университет намерен на конкурсной основе поддерживать грантами перспективные проекты молодых исследователей. В результате реализации Программы развития НИУ НГУ рассчитывает стать не только вузом федерального значения, но и войти в топ-300 ведущих вузов мира.