По мнению прокуратуры, Сергей Васильевич своими «незаконными действиями» причинил ущерб государству на сумму более 500 миллионов рублей. Как сообщает агентство "Интерфакс-Сибирь" в 2001 году Сергей Аксененко, занимаясь контролем за исполнением бюджета области и его целевого расходования, незаконно оказал финансовую поддержку из бюджетных средств ОАО "Винап". Это было сделано посредством проведения политики вексельного финансирования госучреждений. По данным следствия, таким образом, нескольким бюджетным организациям региона, среди которых - Новосибирский краеведческий музей, картинная галерея, ГОУ "Областной детский дом", театр "Глобус", а также три областные библиотеки, был причинен имущественный ущерб на сумму более 11 миллионов рублей. А в 2003 году чиновник также незаконно предоставил госгарантии в виде кредитования из областного бюджета некоторым юридическим лицам. В результате чего задолженности компаний были переведены в разряд невозвратных. Кроме того, экс-глава управления финансов и налоговой политики областной администрации предоставил безрегрессную госгарантию Новосибирской области ГУП "Нефтебаза" "Красный Яр" на сумму более 500 миллионов рублей. Эти деньги также не были отображены в составе расходов бюджета области. Таким образом, по ее словам, в результате преступных действий Сергея Аксененко, обязанности по погашению задолженностей компаний были возложены на консолидированный бюджет Новосибирской области. Бывший руководитель управления финансов и налоговой политики областной администрации Сергея Аксененко обвиняется по трем эпизодам превышения должностных полномочий. В ближайшее время материалы уголовного дела поступят в суд. Сам Сергей Васильевич утверждает, что все делал правильно. По его словам, не могут быть незаконными действия, утвержденные законом о бюджете.