Дело в отношении господина Васильева, УВД по Новосибирску возбудило в середине июня 2011 года. По версии обвинения, в январе 2011 года департамент физической культуры и спорта Новосибирской области выделил клубу в качестве субсидий на проведение спортивных мероприятий 3 млн руб. Около 1 млн из них, согласно отчетности, «Локомотив» потратил на оплату тренировочных сборов. Перечень затрат включал расходы на питание — почти 600 тыс. руб., проживание — около 380 тыс. руб., аренду тренажерного зала — 25 тыс. руб. Однако следствие установило, что «фактически данные сборы не проводились, а спортсмены находились в отпуске».

Согласно обвинительному заключению прокуратуры, своими незаконными действиями Васильев причинил государству материальный ущерб на общую сумму 1 006 740 рублей, который он полностью возместил в ходе расследования уголовного дела.

Первоначально дело завели по ст. 160 УК РФ («Присвоение»), но в дальнейшем следователи переквалифицировали обвинение Васильеву на «Мошенничество» (ст.159). Вину он не признал, а показания давать отказался. В середине октября расследование дела было завершено, и полицейские установили подследственному график ознакомления с делом. В очередной раз президент клуба, находившийся под подпиской о невыезде, должен был явиться в городское УВД 21 октября 2011.

Вместо этого накануне господин Васильев с супругой вылетел утренним рейсом в Санкт-Петербург. Когда предприниматель спустился с трапа самолета, его задержали по ст. 91 УПК РФ («Основания задержания подозреваемого»). Сотрудники транспортной полиции Пулково нашли у него электронный билет до киевского аэропорта Борисполь на 21 октября. Сыщики полагают, что президент «Локомотива» намеревался скрыться за границей. В тот же день оперативник ГУ МВД по Сибирскому федеральному округу отконвоировал господина Васильева в Новосибирск, а следствие обратилось в суд с прошением об избрании обвиняемому более строгой меры пресечения.

На суде Юрий Васильев просил отпустить его под домашний арест или залог. По словам адвоката Александра Плевина, его подзащитный ездил в Санкт-Петербург поклониться православной святыне и сразу же намеревался вернуться, чтобы в назначенный день быть у следователя. Лететь на Украину президент клуба не собирался, а пункт назначения в билете был указан неверно из-за ошибки продавца. Впрочем, убедить в этом суд защите не удалось, и председательствующая в процессе Татьяна Шереметова вынесла постановление об аресте Васильева на два месяца. Позже президента клуба освободили из-под стражи под денежный залог.

12 декабря суд завершил слушания по делу и вынес оправдательный приговор, посчитав, что вина подсудимого не доказана.

Государственный обвинитель Василий Савицкий сообщил РИА Новости, что прокуратура изучит приговор и после этого примет решение, обжаловать его или нет.

Известный в городе бизнесмен Юрий Васильев (создал одну из крупнейших в Сибири компанию — дистрибутора алкогольных напитков и рекламное агентство) возглавил новосибирский БК «Локомотив» (позже «Сибирьтелеком-Локомотив») в начале 2000-х годов. На этом посту он сменил Александра Солодкина, перешедшего на работу в администрацию Новосибирской области (сейчас чиновник арестован по обвинению в руководстве организованным преступным сообществом). Сезон 2007/2008 годов стал последним, проведенным «Локомотивом» в элите отечественного баскетбола. Вскоре от команды-аутсайдера отказался главный спонсор «Сибирьтелеком», покрывавший более половины затрат «железнодорожников». В 2010 году недофинансирование клуба составило 24 млн руб., и команда прекратила существование. Сейчас Новосибирск в высшей лиге представляет одноименный баскетбольный клуб.